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首页 期刊 华南农业大学学报 基于SSR标记的桃品种遗传多样性分析及遗传相似系数比较(非官网)

基于SSR标记的桃品种遗传多样性分析及遗传相似系数比较

摘要:【目的】利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考。【方法】利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析。【结果】使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2-5之间, 平均为3.4。多态信息含量在0.36-0.73间变化,平均为0.54。Jaccard相似系数为0.106-1.000; Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772; Dice系数次之,为0.719; Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CIc为1。Nei’s基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon’s信息指数分别为1.041和0.591。40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合。【结论】基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析。Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析。桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新。

分类:期刊> 自然科学与工程技术> 农业科技> 农业综合

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关键词:桃 遗传多样性 遗传相似系数 引物筛选 

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