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首页 期刊 水生生物学报 基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析(非官网)

基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析

摘要:利用Illumina HiSeqTM 2500测序平台, 对通过高温胁迫实验筛选得到的20尾耐高温和20尾不耐高温的大黄鱼(Larimichthys crocea)进行了简化基因组测序(SLAF-seq), 每个样本的平均测序深度达到10.26×, 共获得419211个高质量的群体单核苷酸多态性(SNP)位点 .利用TASSEL软件的混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS), 共筛选到38个与大黄鱼耐高温性状显著相关的SNP位点(P〈2.39E–08).利用BLAST程序定位每个SNP位点在大黄鱼基因组中的位置, 并分析其周围的功能基因.结果在38个SNPs附近共找到26个已知的功能基因, 这些基因主要与细胞转录、代谢、免疫等功能相关.研究结果可为下-步大黄鱼耐高温分子机制解析及耐高温品种的选育提供参考.

分类:期刊> 自然科学与工程技术> 农业科技> 水产和渔业

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关键词:大黄鱼 高温胁迫 简化基因组测序 单核苷酸多态性 全基因组关联分析 

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