摘要：本文介绍一个面向生物分子模拟的并行有限元解法器，该解法器基于三维并行自适应有限元软件平台PHG，计算并模拟在生物溶液系统在静电场下的扩散过程．该解法器的最新版本在已有算法的基础上，添加了整体求解、含时求解等一些新算法，规范并扩展了边界条件的选取，并整合多项辅助功能，现提供对于Poisson—Nernst—Planck（PNPl方程的两个含时算法和四个稳态算法，以及对于Smoluchowski-Poisson-BoltzmannfSPB）方程的一个稳态算法．解法器可模拟生物分子，离子通道和纳米管等模型，通过有限元方法计算静电场和离子浓度分布，并计算电流强度、反应速率等物理量，可研究离子通道的选择机理，酶的催化反应过程及反应速率等问题．相关软件、工具和进展见www．continuummodel．org．
分类：期刊> 自然科学与工程技术> 基础科学> 数学
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关键词：解法器 phg 生物溶液 静电场 扩散 算法
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