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一种改进的基因序列匹配算法

摘要:提出了一种基于BM算法的改进字符串精确匹配算法。该算法采用双向匹配,充分考虑文本串中当前失匹字符、模式串尾字符与文本串对应的字符、模式串尾字符与文本串对应字符的下一个字符三者之间的关系,同时,在失匹时先不进行跳跃,而是根据当前失匹字符或模式串尾字符对应文本字符的下一个字符预先判断下一次跳跃后文本窗口的尾字符与模式串尾字符是否相同,然后再决定模式串的跳跃距离。从实验结果可知,当改进的算法用于DNA比对时,改进的算法比BM算法、BMHS算法性能更优。

分类:期刊> 自然科学与工程技术> 信息科技> 计算机软件及计算机应用

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关键词:字符串匹配算法 dna检测 bm算法 bmhs算法 改进的bm算法 

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