摘要：旨在利用高速双倍自助法研究蒙古马系统发育树的问题。本研究选用30匹蒙古马的mtDNA D-loop区碱基序列，其中包括5个蒙古马类群(巴尔虎马、三河马、乌审马、乌珠穆沁马、锡尼河马)各6匹，对其所有105个可能系统树(普氏野马作为外群，6匹)进行分析，利用生物信息学软件Mega6和PAMAL4.9，以最大似然法估计蒙古马的最大似然系统树。最后利用生物信息软件CONSEL、R3.0中的SDBP包等计算105个候补系统树的基于高速双倍自助法的可靠度(speedy double bootstrap P-value，SDBP)。结果表明，SDBP值最大的蒙古马系统树共有3个分支，巴尔虎马与乌审马合并为一个分支，具有较近的遗传关系；乌珠穆沁马与锡尼河马具有较近的遗传关系；三河马独立于其他4种蒙古马，构成一个系统发育分支。SDBP值最大的蒙古马系统树与三河马和其他4类蒙古马具有较远的预测血缘关系是一致的，同时此结果的系统树也具有最大似然值。本研究结果还表明，采用最大似然法结合SDBP值分析蒙古马的系统拓扑关系是较最大似然法结合渐近无偏(approximately unbiased，AU)值以及结合自助(bootstrap P-value，BP)值分析蒙古马系统拓扑关系更有效。同时也比非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means，UPGMA)有效，而与邻接法(neighbor joining，NJ)得到了相近的结论。上述结果提示，我们的研究结果使蒙古马的进化理论奠定在更坚实的遗传学基础上，可推动蒙古马的进化理论进一步发展与完善。
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关键词：蒙古马 普氏野马 高速双倍自助法 系统进化树
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