400-808-1701
首页 期刊 中国血吸虫病防治 日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组研究I RNA-Seq数据的de novo拼接(非官网)

日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组研究I RNA-Seq数据的de novo拼接

摘要:目的 利用基于RNA-seq的二代测序技术分析日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组的表达,为进一步完善湖北钉螺基因结构信息及挖掘血吸虫感染钉螺相关分子标记提供实验数据。方法 分别提取日本血吸虫毛蚴感染后第7天、第30天湖北钉螺组织和正常钉螺组织的总RNA,经RNA质量检测合格后建立e DNA文库,利用Illumina NextSeq500测序仪进行测序得到原始序列数据;测序数据经过滤和de novo拼接后,进一步开展转录本注释和聚类分析。结果共得到63 686条广泛通用的基因数据(Unique gene,Unigene),基因功能注释及功能群组聚类分析结果显示,一般性功能蛋白质编码Unigene占比最多(15.36%),其次是信号转导(11.75%)、转录后修饰(8.89%)等,此外还有较高比例的未知功能蛋白质编码Unigene(12.20%)。结论 日本血吸虫侵袭后的湖北钉螺转录组表达信息显示有数个基因呈显著性上调或下调表达,本研究为从分子水平研究湖北钉螺与血吸虫感染相互作用奠定了基础。

分类:期刊> 自然科学与工程技术> 医药卫生科技> 感染性疾病及传染病

收录:北大期刊(中国人文社会科学期刊) > CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版) > 统计源期刊(中国科技论文优秀期刊) > 知网收录(中) > 维普收录(中) > 万方收录(中) > CA 化学文摘(美) > JST 日本科学技术振兴机构数据库(日) > 国家图书馆馆藏 > 上海图书馆馆藏 > 医学文摘

关键词:日本血吸虫 湖北钉螺 rna测序 de novo拼接 转录组 

注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社